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西蜀论检之“消失”的“神秘”基因:高手解谜

Weave 2019-08-14 最新文章 评论

“消失”的

“神秘”基因

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3、PCR扩增曲线的解读

ABL基因表达拷贝数为 2.27E+06

BCR-ABL P210融合基因表达拷贝数为 3.02E+02

BCR-ABL P210/ABL:0.013%

    本实验室基于实时荧光定量PCR技术的方法,可检出P210亚型,慢粒患者90%以上的t(9:22)染色体易位为P210亚型;BCR-ABL是目标基因,ABL是管家基因,BCR-ABL/ABL可反映表达BCR-ABL融合基因的异常细胞占总细胞的比例。

   图中所示,ABL基因PCR扩增曲线和BCR-ABL P210 融合基因PCR曲线均呈“S型”,提示有扩增。然而本次检测结果显示BCR-ABL P210/ABL比值很低(通常结果应该为多少?),该患者为初诊且染色体核型分析中明确观察到了9号和22号染色体易位,所以考虑融合基因检测结果可能存在问题。鉴于此,进行复查。

重新抽提RNA,检测结果一样。由此可以排除样本放置时间过长导致RNA降解,或RNA提取量较少、样本存在污染、扩增试剂失效、扩增失败、样本错误等可能原因。

BCR-ABL主要存在以上三种亚型,由于P210的引物对不能与P190型融合基因结合,但此次PCR曲线显示BCR-ABL 融合基因有一定扩增,所以可排除P190型。而P210引物对可以与P230型融合基因结合,但扩增序列较长,扩增效率低,符合此次PCR曲线特征。综上所述,考虑该患者可能是P230亚型。因此,检测了该患者BCR-ABL 融合基因的P230型,最终得到结果BCR-ABL P230:5.14E+05,ABL :1.44E+06,BCR-ABL P230/ABL:35.7%(如图所示)。该患者为少见的单纯表达p230 BCR-ABL的CML。

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病例回顾

患者男,49岁,因“白细胞增高”初诊于我院血液科门诊。

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检查结果回顾

血常规:白细胞计数 24.64×10^12/L;幼稚粒细胞百分比 21.80%。

骨髓细胞涂片:目前骨髓形态学考虑CML,请结合BCR/ABL融合基因等相关检查和临床。

流式细胞分析:有核细胞以下阶段粒细胞为主,部分表达CD56,未见其他异常表型细胞,请结合病史及临床。

JAK2V617F 基因检测:阴性。

染色体核型分析:46,XY[6/10] / 46,XY,t(9;22)(q34;q11)[4/10]。

BCR-ABL 210型融合基因

BCR-ABL P210:3.02E+02;

ABL:2.27E+06;

BCR-ABL P210/ABL:0.013%。

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背景知识

1、BCR-ABL融合基因检测临床意义

BCR-ABL融合基因是由9号染色体长臂上C-ABL原癌基因易位至22号染色体长臂的断裂点集中区BCR形成。BCR-ABL融合基因是慢性粒细胞白血病(CML)特征性的分子生物学标志,且其转录水平的动态变化可反映CML的复发、提示预后,定量检测BCR-ABL融合基因对于CML的诊断、临床分型、疗效观察及预后判断有重要意义。BCR-ABL融合基因除可见于95%的CML外,还可见于15%-30%的成人急性淋巴细胞白血病(ALL)和2%-5%的儿童ALL中。


2、BCR-ABL融合基因亚型简介

 在CML中,BCR常见有3个断裂点:M-bcr(P210型)、m-bcr(P190型)、u-bcr(P230型)。绝大多数CML患者融合蛋白为p210 BCR-ABL(b2a2/b3a2),可同时表达p190 BCR-ABL(e1a2),少数患者单纯表达p190 BCR-ABL或p230 BCR-ABL(e19a2)。P230型是BCR-ABL的少见型。

 除了三类典型的BCR-ABL融合基因外,约1%的CML患者其断裂点不在上述常见的位点,从而形成不典型BCR-ABL融合基因亚型,包括e3a2、e6a2、e8a2、e13a2等。

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高手解谜

1、问题及答案

1) BCR-ABL融合基因检测报告能发出吗?(B)

A.  能

B. 不能

2) 若不能发出,可能的原因是?(D)

A  样本放置时间过长导致RNA降解,或RNA提取量较少

B  样本存在污染

C  扩增仪中途断电

D  仅检测了最常见的BCR-ABL 210亚型

E  扩增试剂失效

2、PCR扩增曲线的解读

ABL基因表达拷贝数为 2.27E+06

BCR-ABL P210融合基因表达拷贝数为 3.02E+02

BCR-ABL P210/ABL:0.013%

本实验室基于实时荧光定量PCR技术的方法,可检出P210亚型,慢粒患者90%以上的t(9:22)染色体易位为P210亚型;BCR-ABL P210是目标基因,ABL是管家基因,BCR-ABL P210/ABL可反映表达BCR-ABL P210融合基因的异常细胞占总细胞的比例。

图中所示,ABL基因PCR扩增曲线呈“S型”,且Ct值正常。而BCR-ABL P210 融合基因PCR曲线仍呈“S型”,提示有扩增。本次检测结果显示BCR-ABL P210/ABL比值很低(通常初诊CML该值为50%以上),该患者为初诊且染色体核型分析中明确观察到了9号和22号染色体有40%的易位,所以考虑融合基因检测结果可能存在问题,鉴于此,进行复查。

重新抽提RNA,检测结果相同。由此可以排除样本放置时间过长导致RNA降解,或RNA提取量较少、样本存在污染、扩增试剂失效、扩增失败、样本错误等可能原因。

3、BCR-ABL融合基因PCR原理解释

BCR-ABL主要存在以上三种亚型,由于P210的引物不能扩增出P190型融合基因,但此次PCR曲线显示BCR-ABL 融合基因有一定扩增,所以可排除P190型。而P210引物对可以与P230型融合基因结合,但扩增序列较长,扩增效率低,符合此次PCR曲线特征。综上所述,考虑该患者可能是P230亚型。

4、BCR-ABL P230型融合基因检测结果

因此,检测了该患者BCR-ABL 融合基因的P230型,最终得到结果BCR-ABL P230:5.14E+05,ABL :1.44E+06,BCR-ABL P230/ABL:35.7%(如图所示)。该患者为少见的单纯表达p230 BCR-ABL的CML。

由此可见,在解读BCR-ABL融合基因结果时,需充分结合患者病情以及染色体核型报告,避免少见亚型的漏检。

本期专家介绍

  叶远馨  医学博士,副主任技师,毕业于四川大学华西临床医学院。中国中西医结合学会检验医学专委会肿瘤分子诊断专委会委员 。主要研究方向为:血液系统疾病的实验室诊断。主持国家自然科学基金1项,参与国家及省部级科研项目5项,获市级科技进步奖1项。公开发表论文10余篇。

  周娟  在职博士,主管技师。主要研究方向:肿瘤液体活检。主持国家自然科学基金-青年基金1项,作为第二主研参与成都市科技局重大项目,参加国家自然科学基金3项,以第一作者或共同第一作者身份发表SCI论文7篇、MEDLINE收录1篇。

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2019年8月14日

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